En paralelo se realizaron otros proyectos y estudios de enorme calado para la habitabilidad de la ciudad, el estudio integral de tráfico Toledo: espacio y movilidad, el proyecto de señalización del casco histórico, el de diseño de mobiliario urbano y el proyecto de eliminación del cableado.

Aunque ya se habían realizado en la ciudad muchos proyectos de restauración de monumentos, la Fundación colaboró en aquellos que se iniciaron a finales de los años 80 y principios de los 90, como la restauración de parte del recinto amurallado, incluyendo la Puerta de Bisagra, la Puerta del Sol y las batientes de la Puerta del Cambrón y San Martín. 

Como consecuencia del Inventario de Portadas Monumentales que se realizó en 1993 se  llevaron a cabo proyectos de restauración de una serie de portadas que se encontraban en muy mal estado, como la portada del Corral de D. Diego y otras siete más de conventos.

Este primer contacto con los conventos supuso abrir una línea de trabajo, llamado genéricamente Plan de los conventos de clausura de Toledo, del que emanaron actuaciones muy diversas, tanto restauraciones de bienes muebles e inmuebles como otro tipo de actuaciones encaminadas a facilitar el día a día de la vida conventual: cursos de formación a las propias monjas sobre conservación preventiva, estudios y asesoramiento sobre su situación jurídica, económica y administrativa y una serie de obras menores para acondicionar sus iglesias y distintas dependencias.

Dentro de las actuaciones en bienes muebles hay que destacar la restauración de la colección de lienzos de Luis Tristán, que se conservan tanto dentro como fuera de la ciudad,  la restauración de obras singulares como el Retablo Mayor de la Catedral de Toledo y obras de reconocidos artistas como El Greco, Comontes, Rizi, Van der Hamen, etc.

De esta manera, junto a la conservación y revitalización de la ciudad histórica de Toledo, la Fundación incorpora a sus fines la conservación y difusión de la figura de Victorio Macho y su obra. Para ello, asume la rehabilitación del espacio de Roca Tarpeya, que se convierte, además de la sede de la institución, en un lugar de encuentro y diálogo.

La otra fecha, el año 2001, es la constitución del Consorcio, órgano de gestión del Real Patronato, cuya creación en 1998 fue impulsada por la Fundación, con la finalidad de de afrontar y resolver los múltiples problemas existentes en la ciudad histórica y planificar los numerosos proyectos y mejoras pendientes.

A partir de este momento, la tarea de conservación y restauración de bienes muebles e inmuebles que la Fundación venía acometiendo, pasa a ser ejercida por el Real Patronato, y la Fundación asume la responsabilidad de gestionar el Museo Victorio Macho y realizar actividades nuevas que las instalaciones de Roca Tarpeya permitían, como exposiciones, conferencias, congresos, etc.

De las 28 exposiciones realizadas en el espacio denominado ya por Victorio Macho como Tallerón, hay que destacar, junto a las excepcionales Los Grecos del Museo del Greco y  El Greco. Vista y Plano de Toledo: la ciudad a través de un cuadro, otros montajes excelentes como Luis Tristán en Toledo, Geografías del Islam. Obras de Arte Islámico del Museo Aga Khan, Obras Maestras del Museo de Santa Cruz, Arte y tradición de los Zuloaga: damasquinado español en la colección Khalili o De Tapies a Barceló. Arte contemporáneo en colecciones privadas de Toledo. 

La situación de Roca Tarpeya, en una escarpadura sobre el río Tajo y frente a los cigarrales, nos facilitó abrir una nueva línea de trabajo dirigida a sensibilizar en el valor del paisaje como patrimonio cultural, que se concretó en diversos proyectos didácticos y la elaboración del Plan Especial de Cigarrales, aprobado en 2007, una normativa que protege este espacio amenazado por la proliferación de construcciones que vulneraban la excepcionalidad de su paisaje, uno de los valores identitarios de la ciudad.

A finales de los 90 hay otro hecho importante, el proyecto de construcción de viviendas en Vega Baja, un proceso que comienza en los años finales de los 90. Esto supuso para la Fundación un nuevo foco de atención y preocupación, al considerar que este espacio debía ser protegido íntegramente por sus valores históricos, arqueológicos y paisajísticos, valores que la Fundación ha seguido defendiendo después que en el año 2006 se paralizara  el proyecto urbanístico. 

En relación con los conventos, los proyectos se dirigieron hacia el patrimonio documental iniciando un proyecto muy ambicioso sobre digitalización de los archivos documentales, con la doble finalidad de conservación y difusión, facilitando su consulta a través de copias digitales.

Una consecuencia de la credibilidad y rigor de las opiniones de la Fundación, fue la creación en 2010 de la Fundación el Greco 2014, de la que la Real Fundación de Toledo es promotora, y en la que se integraron con cargos de responsabilidad, como la coordinación general, la dirección general y la asesoría económica.

La Real Fundación aportó a la celebración de 2014 su experiencia de tantos años trabajando por Toledo y su capacidad de gestión en temas relacionados con el patrimonio y la cultura. Así, desde su origen hasta su clausura, tuvo una presencia muy activa en lo que se considera el mayor acontecimiento cultural de Toledo de las últimas décadas, desempeñando un gran papel protagonista en el homenaje.

Los logros alcanzados en temas decisivos de la conservación de la ciudad, el rigor ampliamente demostrado de sus planteamientos científicos y técnicos, la representatividad y pluralidad de sus miembros, bajo la Presidencia de Honor de S.M. El Rey, y el gran prestigio que ha sabido ganarse tanto en ámbitos institucionales como privados, hicieron que nuestra Fundación se fusionara con la del Greco, ampliando con ello nuestros fines fundacionales. 

Tras su decisiva participación en la conmemoración del centenario del Greco en el 2014, la Fundación ha demostrado poseer, por conocimiento, habilidades y competencia, un enorme potencial como prestadora de servicios culturales de gran calado y proyección. Un ejemplo de ello fue el requerimiento del Ayuntamiento de Torrijos para programar y gestionar los actos conmemorativos del V Centenario de la Colegiata, logrando que la celebración traspasase el ámbito local al situar a Torrijos, su Colegiata y aniversario en un lugar muy destacado en el ámbito cultural en el 2018.

Además de asumir este reto, las líneas de trabajo se han centrado en dos temas, en los que ya se venían trabajando con anterioridad, el paisaje como patrimonio cultural y la conservación integral de Vega Baja. Ambos temas han dado lugar a muy distintos proyectos y actividades: el Estudio del paisaje cultural de Toledo. Los cigarrales, publicado por la editorial Archaeopress, el ciclo de conferencias Toledo: protegiendo el paisaje, el curso Arqueología y paisaje de la Guerra Civil en Toledo, los proyectos didácticos El paisaje urbano de Toledo. Las calles de Julio Porres y El paisaje de Toledo, o presentaciones de libros sobre el tema, como el titulado Paisajes culturales a través de los casos en España y América, creación de un grupo de trabajo sobre Vega Baja para analizar y estudiar su futuro tanto patrimonial como ciudadano y urbano, la jornada La Vega Baja. Un laboratorio para la investigación arqueológica y el desarrollo del Toledo en el siglo XXI, organizado en colaboración con el Instituto Arqueológico Alemán o el proyecto de la Senda de Sabatini, la primera intervención en este espacio, que, aunque mínima, puede marcar la dirección para llevar a cabo otros muchos que den solución a este espacio, con dos objetivos irrenunciables para nosotros, proteger los valores de la Vega Baja y defender el interés común de los ciudadanos.

Lo novedoso de este período está en los proyectos musicales. Aunque la música siempre ha estado presente en la Fundación desde los inicios, organizando conciertos y colaborando en ediciones, no es hasta 2015 cuando la música adquiere el protagonismo que tiene entre los proyectos y actividades de la Fundación.

El Festival de Música el Greco en Toledo tiene su antecedente en Música para el centenario, el espacio musical que la Fundación El Greco 2014 incorporó al programa de celebración del centenario del Greco, que por su calidad tuvo una excelente acogida de público. 

Cumpliendo con el objetivo de darle continuidad a determinadas actividades de 2014 que enriquecieran de forma destacada la vida cultural de la ciudad, nació en 2015 el Festival de Música El Greco en Toledo, impulsado por la Fundación El Greco, y cuya organización fue encomendada a nuestra Fundación, con la participación de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha, Ayuntamiento, Diputación, Catedral, Universidad y la colaboración del Teatro Real, a cuyo frente se nombró a Juan José Montero, director del área musical del IV Centenario. 

A esta edición del 2015 le han seguido anualmente ediciones con programaciones asentadas en los mismos criterios iniciales: ofrecer los conciertos en escenarios extraordinarios como la catedral y la iglesia de San Pedro Mártir; mantener la tradición de las Batallas de Órganos, interpretar música del archivo catedralicio y sus grandes maestros de capilla, y contribuir a la recuperación del patrimonio de la catedral.