Un acuerdo con el Museo del Prado permitió que piezas del patrimonio toledano fueran restauradas en sus talleres a cargo de los mejores especialistas. La obra La visión de San Juan de la Inmaculada Concepción fue la primera que se trasladó al Museo del Prado para ser restaurada por Rafael Alonso.
Fue realizada por El Greco entre 1580 y 1585 para la parroquia de San Román. Con ella se sientan las bases iconográficas para la representación de la Inmaculada Concepción, doctrina que el Concilio de Trento trató de potenciar. Los primeros informes de restauración hacían referencia al deficiente estado de conservación de la obra, cuya capa pictórica había comenzado a desprenderse, y a los numerosos repintes que había sufrido la obra en una restauración que se realizó en los años cuarenta para paliar los daños ocasionados durante su permanencia en la Iglesia de San Román. Como consecuencia de ello, la obra había perdido la transparencia, brillantez y luminosidad características de las obras del Greco, motivo por el que algunos especialistas de arte la consideraron una obra menor.
El trabajo meticuloso y lento consistió primeramente en consolidar la superficie pictórica para evitar desprendimientos. Seguidamente se limpiaron los barnices oxidados, se eliminaron los repintes y se reintegraron las faltas de color con acuarela y colores al barniz para asegurar la reversibilidad. Después de muchos meses de trabajo intenso, lento y delicado, patrocinado por Fiat Ibérica, la obra recuperó la belleza y armonía originales y con ellas el valor que le corresponde. Fue presentado al público en un brillante acto en el propio Museo de Santa Cruz en el que intervinieron Jonathan Brown y Rafael Alonso.
Proyecto y ejecución de Rafael Alonso Alonso, Museo del Prado, patrocinio de Fiat Ibérica S.A.