Esta composición religiosa fue descubierta en 1999 y atribuida a Juan van der Hamen, pintor madrileño, de origen flamenco, coetáneo de Velázquez y uno de los maestros fundamentales del bodegón y de la naturaleza muerta, género en el que influyó en Zurbarán, Pereda y Arellano, entre otros pintores.
Según Willian B. Jordan, uno de los grandes especialistas en naturalezas muertas españolas, el descubrimiento de la firma de Van der Hamen en La aparición de la Inmaculada a San Francisco ha sido uno de los hallazgos más importantes en los estudios del artista desde que se abriera en 1965 el Monasterio de la Encarnación de Madrid, ya que pone de relieve dos cosas: la calidad plástica del pintor y el protagonismo que tuvo el Convento de Santa Isabel en la vida religiosa de Toledo en el siglo XVII.
En esta obra resalta el virtuosismo de Van der Hamen cuando plasma flores y un cuidadoso gusto en el tratamiento de las figuras, lo que demuestra una sólida formación artística.
Juan van der Hamen también cultivó los cuadros de historia y las escenas religiosas como La aparición de la Inmaculada a San Francisco, aunque actualmente se le recuerda como uno de los grandes bodegonistas del siglo XVII, dada su gran destreza para representar flores, frutas, dulces y objetos relacionados.
El equipo de restauración ha procedido, entre otras acciones, al desmontaje de la obra de su ubicación habitual, la extracción del marco, la protección de la capa pictórica, el desmontaje del antiguo bastidor y la colocación de uno nuevo, el sentado de color, la limpieza, el estucado, la reintegración y la protección de la superficie pictórica, para devolver el esplendor a la figura de la Virgen dirigiendo su mirada a San Francisco.
En diciembre de 2004 se presentó en la iglesia del Convento de Santa Isabel de los Reyes de Toledo la restauración del cuadro, fruto de la colaboración con el BBVA, institución que viene colaborando con excelentes resultados en la conservación del patrimonio cultural de Toledo.
Al acto asistieron Gregorio Marañón, presidente de la Real Fundación de Toledo; Javier Ayuso, director de Comunicación e Imagen de BBVA; Sor María Luisa Villegas, priora del convento toledano, Paloma Acuña, directora general de la Real Fundación de Toledo; Pedro Rodríguez, director territorial de BBVA en Castilla-La Mancha y Canto González, directora de la restauración.
Terminaba así, la restauración de esta magnífica obra que viene a completar la escasa producción de tema religioso del autor fundamentalmente conocido por sus bodegones y flores, identificado al aparecer la firma y fecha que estaban ocultas en una doblez del lienzo.
El cuadro ya colgado en su sitio original, el coro de la iglesia del convento de Santa Isabel, formó parte de la magna exposición sobre Van der Hamen que organizó en 2005 Patrimonio Nacional y el Museo de Dallas con la comisaría de William Jordan.