Entre 1995 y 1999 se desarrolló el Estudio de la situación jurídica, económica y administrativa de los conventos de clausura de Toledo, dirigido por Jesús Carrobles, jefe del Servicio de Arqueología de la Diputación Provincial, y realizado por Mª Luisa Escudero Serrano, con el patrocinio de la Real Fundación de Toledo. El proyecto analizó la situación de varios conventos en relación con la actividad económica de las comunidades religiosas —entre ellos San Clemente, las Comendadoras de Santiago, Santa Isabel de los Reyes y Santa Clara— con el objetivo de mejorar su gestión.
Las acciones llevadas a cabo buscaron ayudar a los conventos a detectar y resolver los problemas económicos más urgentes. Para ello, se realizaron estudios de viabilidad y se ofreció asesoramiento técnico destinado a mejorar su rendimiento, lo que incluyó la reorganización del plan contable, la planificación fiscal y la actualización de alquileres conforme a la actual Ley de Arrendamientos Urbanos.
La Fundación continuará ofreciendo este apoyo siempre que las comunidades lo soliciten, con el único propósito de ayudar a las religiosas, resolver cuestiones concretas y servir de puente con el mundo exterior, facilitándoles un entorno más estable y confortable que les permita dedicarse plenamente a su vocación espiritual.