El trabajo de ordenación y catalogación del Archivo del Convento de la Concepción Francisca de Toledo fue llevado a cabo en 2001 por las archiveras Milagros de la Puente Fernández y Mª del Prado Olivares Sánchez, bajo la dirección de Dolores de la Paz. Este proyecto fue impulsado por la Real Fundación de Toledo y subvencionado por la Consejería de Educación y Cultura de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha, dentro del Programa de ayudas destinadas a los Centros de la Iglesia Católica de la región para el desarrollo de programas archivísticos.

El archivo está compuesto por documentación que abarca desde el siglo XII hasta el XX, procedente de cuatro conventos de la Orden franciscana: el propio convento de la Concepción Francisca, San Pedro de las Dueñas y Santa Ana (ambos de Toledo), y el convento de la Concepción de Puebla de Alcocer (Badajoz). Se identificaron un total de 61 pergaminos (en su mayoría en latín), 25 libros, 4 cantorales y 6 legajos.

Siguiendo criterios archivísticos, la documentación fue organizada según su procedencia conventual y se separó el material original de las copias. A todos los documentos se les asignaron nuevas signaturas, formadas por un código alfabético correspondiente al convento y un número currens. También se conservaron las signaturas antiguas en un campo específico, aunque estas respondían a una catalogación parcial realizada en torno a 1980, sin ajustarse a criterios archivísticos.

Dado el volumen manejable de la documentación, se optó por realizar la descripción a nivel de catálogo. La catalogación se inició con los 61 pergaminos, principalmente disposiciones eclesiásticas (bulas, breves, dispensas, etc.), privilegios reales y documentos censales, en general bien conservados. Los sellos pendientes fueron protegidos con fundas específicas.

A continuación, se describieron los 25 libros (cuentas, censos, profesiones, elecciones, defunciones, etc.) y, posteriormente, los cuatro cantorales, cuya catalogación siguió las pautas del Catálogo de manuscritos e impresos musicales del Archivo Histórico Nacional y del Archivo de la Corona de Aragón, publicado por el Ministerio de Cultura en 1994.

La descripción documental se realizó inicialmente en fichas manuales, que posteriormente fueron informatizadas mediante una base de datos creada en MS Access '97, diseñada específicamente para la documentación conventual.